Het monster met de naam Godzilla is zo mythisch dat het een eigen genre heeft gekregen met steeds nieuwe versies van een nauwelijks veranderend verhaal. Daarin zijn personages eigenlijk irrelevant, het gaat er vooral met hoeveel geweld en aangerichte schade het monster tekeer gaat. In Godzilla Minus One is dat anders.
Het menselijke verhaal staat hier juist voorop en de verwoesting die Godzilla aanricht en de wanhopige pogingen om hem te stoppen zijn helemaal verweven met het verhaal van de hoofdpersoon. In de laatste dagen van de Tweede Wereldoorlog landt kamikazepiloot Kōichi Shikishima met zijn vliegtuig op Odo Island vanwege een defect, maar de technici concluderen terecht dat hij in feite niet bereid is om zijn leven op te offeren voor wat duidelijk een verloren zaak is. Die avond valt Godzilla (al genoemd als een lokale legende) het eiland aan en Kōichi wordt aangespoord om de machinegeweren van zijn vliegtuig te gebruiken om het beest te doden, maar hij bevriest en kijkt toe hoe de monteurs worden afgeslacht. Alleen Sōsaku Tachibana overleeft het en hij geeft Kōichi foto’s van de dode mannen om hem aan zijn falen te herinneren.
Terug in een verwoest Tokio vindt Kōichi zijn familie dood en hun huis verdwenen; zijn buurvrouw geeft hem de schuld van de dood van haar kinderen. Beschaamd maar vastbesloten om te overleven, komt hij Noriko Ōishi tegen die een baby in zijn handen duwt en verdwijnt. Als ze terugkomt nodigt hij haar thuis uit en leer dat het kind, Akiko, door haar stervende moeder aan Noriko is gegeven. In de daaropvolgende maanden vormen Kōichi en Noriko samen een thuis, voeden ze Akiko op en neemt hij een baan aan om de mijnen uit de wateren rond Japan te halen. Alles lijkt goed te gaan totdat Godzilla weer terugkeert, Kōichi en zijn kameraden aanvalt en een slagschip vernietigt waarna hij zijn aandacht op Tokio richt. Als hij dat doet, willen de Amerikanen niet helpen (uit angst om de spanningen met de Sovjets op te voeren) en kan de Japanse regering niet helpen omdat Godzilla te sterk is. Het is aan een groep marineveteranen om Godzilla in de val te lokken en te doden zonder een catastrofale vernietiging te veroorzaken. Kōichi beseft dat dit zijn kans op verlossing is en besluit mee te doen.
Door het verhaal in de jaren 40 te plaatsen, kunnen de makers een soort oerversie van Gojira laten zien. Zo sluit hij aan op de eeuwenoude traditie van de Kaiju monsters, oerbeesten die zowel uiterst dodelijk als goddelijk zijn. Hiermee onderzoeken ze de impact van de oorlog op het Japanse volk en de houding ten opzichte van leven en dood die zo’n verwoestende rol heeft gespeeld in de Japanse cultuur, vooral het Japanse militarisme. De doodscultus-ideologie met de bijbehorende heroïsche offers, met de kamikaze als ultieme uiting, wordt hier bekritiseerd. Dat thema wordt overigens niet enorm benadrukt, omdat het is verstopt in een verhaal en personages die je wil volgen. Kōichi voelt de noties van eer en plicht waarmee hij geïndoctrineerd is maar hij heeft ook een overlevingsinstinct. Godzilla zelf ziet er geweldig uit, nog versterkt door de verwijzing naar atoomkracht waarmee hij zich voedt en zich kan herstellen. Een monster dat zo ultiem is dat het elk voorstellingsvermogen te boven gaat. In die zin vormt de film een mooie tegenhanger voor Oppenheimer, die andere atoomfilm waarin de mens zelf het monster is. Maar waar Oppenheimer de enorme verwoesting niet laat zien en het houdt bij de totale verslagenheid van J. Robert Oppenheimer zelf, daar doet Godzilla Minus One dat wel. Maar het is uiteindelijk nog steeds een fantasie met parabels en metaforen om de gevolgen van nucleaire vernietiging te duiden.